Sayatón se fundó en el último tercio del siglo XV, según las Relaciones Topográficas de Felipe II. Es posible que se repoblase con los habitantes de un caserío que había en un lugar llamado Aguanevada.

Sobre épocas más antiguas apenas se tiene referencia; a excepción de la historia de la "Venta de la Saya", antecedente del municipio, donde había un telar cuyos tejidos gozaban de fama en la comarca.

En Sayatón se encuentran vestigios de la antigüedad. En el pueblo hubo un asentamiento romano del que se conoce el lugar exacto y además se ha encontrado una lápida de aquella época con una inscripción funeraria. 

En 1539 Doña Ana de la Cerda compra el pueblo a la Orden de Calatrava, la cual vinculó sus posesiones de Pastrana y Sayatón a dos de sus hijos, don Baltasar y don Gaspar Gastón, a éste último le perteneció la posesión del municipio, en 1569 se lo vendió a don Ruy Gómez De Silva.

Sayatón se mantuvo bajo el señorío de los duques de Pastrana hasta la unión de la casa de Pastrana a la del Infantado, integrándose dentro del señorío de los duques del Infantado, permaneciendo el señorío de Sayatón bajo el control de la casa de Infantado hasta el siglo XIX.

Hacia principios del S. XVIII Sayatón era una de las pocas poblaciones de la comarca, que no gozaba del privilegio de villazgo, estando sometida a la jurisdicción de la villa de Pastrana, a lo largo de los siglos la mayor parte de las poblaciones mayores habían ido logrando éste estatus.

El Señor, Duque del Infantado, interesado en limitar en la medida de lo posible el excesivo poder acumulado por el concejo de su villa principal, Pastrana, vería con buenos ojos las pretensiones emancipadoras de sus lugares dependientes, a fin de alcanzar un equilibrio estratégico que potenciara su papel hegemónico. Esta coyuntura favorable, convenientemente aprovechada por los miembros más relevantes del concejo de Sayatón, precipitó la necesaria aprobación de Don Juan de Dios de Silva Hurtado de Mendoza, el procedimiento siguió el curso acostumbrado y tras atender al informe emitido por el Conde de Medina, Corregidor de la Ciudad de Guadalajara, concedía el 7 de septiembre de 1728,  la resolución que dotaba al fin a Sayatón de los instrumentos necesarios para una mejor defensa de sus derechos, tan menoscabados en tiempos precedentes. La perseguida independencia, la estrategia Hegemónica del duque del Infantado en sus dominios, y la acuciante penuria de la todavía joven administración borbónica, se veía así definitivamente confirmada, significándose como uno de los hitos más relevantes de su Historia Moderna.